霉菌是果蔬储藏中最常见的微生物，它具有较强的耐受力，在0度左右的冷库内仍能生存繁殖，成为引起果蔬腐烂变质的主要原因。霉菌对消毒剂具有较强的抵抗力，而臭氧具有杀菌力强、菌谱广、可自行分解不产生残余污染的优点。因此，臭氧能对果蔬类杀菌防霉，延长储藏期；另一方面，臭氧气体会快速氧化分解果蔬呼吸排出的乙烯气体，乙烯是催熟剂，会增强呼吸加速成熟过程。乙烯被分解后降低了果蔬的新陈代谢，减慢了生理老化进程，因而实现了保鲜作用。臭氧保鲜的水果出库后保鲜时间长于一般冷库保鲜的水果。同时臭氧还能去除库内异味，对老鼠也有伤害作用。
一、杀菌机理
臭氧的氧化能力很强，仅次于氟’(f2) 。臭氧正是依靠其强氧化能力达到杀灭微生物目的，它与微生物细胞中的多种成份产生反应，从而产生不可逆转的变化。对臭氧杀菌机理的见解很多，一般认为杀灭细菌、霉菌类微生物是臭氧首先作用于细胞膜，使膜构成成份受到损伤，导致新陈代谢障碍并抑制其生长，臭氧继续渗透破坏膜内组织，直至杀死。湿度增加杀菌力提高，是由于高湿度下微生物细胞膜变薄，其组织容易被臭氧破坏。
臭氧杀菌防霉分三个阶段：空库消毒，入库杀菌和日常防霉，目的是减少霉菌、酵母菌等微生物造成的腐烂。
二、保鲜
臭氧减缓新陈代谢过程，推迟后熟和老化是通过氧化分解乙烯气体实现的。
蔬菜水果采摘后仍是生命活体，储藏期间呼吸过程是加速的，因而逐渐成熟。降温和气调的目的就是为了降低其呼吸强度。果蔬在接近成熟阶段将产生乙烯气体，它有加速成熟的作用，称为催熟剂。它的扩散还将使其它果蔬加速成熟。水果成熟的表面信号是果皮变成褐色，果肉变软，并老化烂。水果库中的浓郁香味就是成熟的表现。臭氧能够有效地控制这个过程，快速氧化分解烯，开始时产生乙烯中间氧化物，继之打破C-C连接键，最终分解为CO2和水。臭氧减缓了新陈代谢，降低了成熟速度，促进创伤愈合，并增加了对传染的抵抗力，对延长果蔬的储藏期发挥了重要
三、臭氧应用原则
臭氧杀菌能力强，效果好。不同应用目的、不同品种有不同的浓度要求。在时间允许的情况下，选择较低浓度。但低于0.1ppm时对微生物没有杀灭作用。
臭氧气体比重是空气的1.72倍，为扩散均匀，臭氧发生器应安装在冷库的上方，或自下向上吹。果蔬的堆码要有利于臭氧接触、扩散。
应用臭氧的环境湿度应在60%以上，低于45%时臭氧对空气中的微生物几乎没有杀菌作用。湿度越高杀菌效果越好。
使用臭氧时应避免操作人员长时间与臭氧接触，短时间接触臭氧不会对人体造成危害。工作环境臭氧浓度低于0.1ppm时是安全的。
四、臭氧发生器的选择
臭氧应用中的一个问题是选择合适的发生器。发生器按结构分为“开式”发生器和标准式发生器。“开式”发生器适用于空气中应用，水处理应选用标准型发生器。
较大空间应选择强制扩散的“开式”发生器。安装在库房的上方或选用上吹风的发生器。以便臭氧的扩散。冷库消毒浓度高，臭氧消耗量大。1000立方米冷库可按15/g小时规格选择。